a. Proses Asli
Proses asli yang boleh menurunkan kualitas air ialah hidrologi, geologi dan biologi. Proses hidrologi melibatkan kitaran air di hidrosfera. Pergerakan tersebut berupaya memindahkan bahan pencemar yang berada di atmosfera dan seterusnya jatuh ke permukaan tanah yang kemudiannya mengalir ke sungai. Di atmosfera terdapat pelbagai bahan pencemaran seperti gas berasid, bahan radioaktif, bakteria dan debu. Apabila hujan berlaku, bahan pencemaran tersebut akan dipindahkan dari atmosfera ke permukaan bumi dan ini akan menyebabkan pencemaran kepada badan air yang terdapat di permukaan bumi termasuk air sungai, tasik, paya, dan mungkin air bawah tanah. Jika keadaan ini berlaku, susah untuk merawat air kerana kawasan yang terlipat secara meluas dan sumbernya sukar untuk dikawal.
b. Proses Geologi
Proses geologi adalah satu proses yang berkaitan dengan batuan melalui proses luluhawa. Proses luluhawa kimia terhadap batu-batuan merupakan salah satu proses yang boleh menyumbangkan bahan pencemar yang boleh menurunkan kualiti air. Seperti yang kita tahu batu-batan banyak mengandungi unsur kimia. Apabila proses luluhawa kimia berlaku, akan terhasillah bahan larut yang akan mengubah ciri-ciri kimia air yang terlibat dan secara tidak langsung akan menurunkan kualiti air tersebut.
c. Proses Biologikal
Sumber pencemaran air yang paling serius di Malaysia ialah pelbagai aktivitas manusia yaitu perlombongan, pembalakan, pembangunan, pertanian, perindustrian.
d. Perindustrian
Pelbagai jenis aktiviti perindustrian di Malaysia, seperti elektronik, pengetinan makanan dan minuman, pemprosesan bahan mentah, tekstil dan bermacam lagi. Semua jenis perindustrian tersebut menyebabkan pencemaran kerana bahan buangan dari kawasan perindustrian dialirkan ke badan air melalui sistem saliran yang nyata. Sumber pencemaran dari kawasan perindustrian boleh dikelaskan sebagai sumber berpunca. Buangan berbahaya ini dikawal di bawah Akta Kualiti Alam Sekeliling 1974 (Pindaan) 1996 dan Peraturan-Peraturan Kualiti Alam Sekeliling (Buangan Terjadul) 1989. Sebanyak 107 jenis buangan industri yang dikategorikan sebagai buangan berbahaya di bawah peraturan tersebut. Bagi mereka yang didapati bersalah oleh mahkamah melakukan pelupusan haram buangan terjadual iaitu di tempat yang tidak dilesenkan oleh Jabatan Alam Sekitar, denda maksimum baginya adalah sebanyak RM500,000.00 atau lima tahun penjara atau kedua-duanya.